在日本农林水产省正欲着手进行农政改革之际，一部分农业经济学者便推出农业保护维护论，指出农政改革已经进行得非常充分了。
财政负担程度低并不意味着保护程度低
1．首先有这样一种主张：“日本农业不是保护过分。农业的财政负担和欧美相比较低。平均每家农户的农业预算额不到美国的1/4。另外，与欧美向比，日本更彻底地与价格保护政策决裂。农产品的平均关税率为12%，低于EU（欧盟）的20%和泰国的35%。日本所进行的农政改革在世界上居首位，是削减农业保护的优等生。WTO所指定的国内农业保护削减指标——AMS（Aggregate Measurement of Support，补助总量）大幅度下降。采取恢复曾被废除的不足补助等不良行为的是美国”。
农业保护指标——OECD的PSE（Producer Support Estimate 生产者补贴等值，2003年）总额，日本为447亿美元，高于美国的389亿美元，而低于EU的1214亿美元。把国家规模考虑进去看PSE的GDP比例，日本是1%、美国是0.4%、EU是1.2%。在每一农业生产额的保护（百分比PSE）上，农业生产较少的日本，其数值为58%、美国为18%、EU为37%，远远超出了OECD的平均值32%。日本和美国相比虽然保护水准较高，但和EU相比的话，还很难说是农业保护型。然而尽管如此，日本在WTO/FTA有关农业问题的谈判中持消极态度（尤其是反对降低关税）、且受到国内外“最严重的最农业保护主义国家”的批评，其原因在于保护方法上的错误。
PSE由消费者负担（内外价格差×产量）和纳税者与财政负担两大部分构成。通过关税提高农产品价格以保护农业的消费者负担部分从1986～88年至2002年之间，美国是46%→39%、EU是85%→57%，然而日本却是90%→90%，维持原状。
政策措施必须满足三个条件：effective（比原定目标要有更好的效果）；efficient（高效率；以最少的成本达到目的；不造成其他非效率性的）；equitable（公平、不加重贫困者的负担）。由关税带来的消费者负担型的价格保护政策，由于不能直接有助于提高收入，所以不会取得好的效果；因会产生供求不平衡等副作用，所以它又缺乏效率；从贫困消费者也同样要负担（在日本，拥有土地的富有兼职农户也接受补助）的这一点来看，它缺乏公平性。三项E的标准均未达到。锁定对象的纳税者负担型政策（直接补贴），是一种向国民公开负担和受益的关系，明确真正需要政策援助的农业及农户，做到限定受益对象的同时，消除消费上的扭曲，提高经济生活水准的政策。OECD正是为此而建议由价格保护政策转向直接补贴的。
美国及EU都正在进行保护方式转换，即从价格保护政策转向来自财政的直接补贴（目前，EU的谷物保护价格低于芝加哥小麦行情、免关税）。由于日本尚未动手改革，依旧实行关税依赖型保护，所以处于一种落后于世界农政大潮、无法对应关税降低的状态中。日本是以消费者负担来保护农业，所以它和欧美相比农业的财政负担小是必然的。财政负担程度低并不意味着保护程度低。
平均关税率低的另一方面，日本的保护方式上的第二大问题是对大米等特定品种保护不平均，农业内部也存在资源分配扭曲现象。在OECD的指数上显示出这一问题，与美国的29、EU的59相比，日本则突出为118。几乎所有品种的关税都较低（范围广泛），但一部分的品种却突出偏高（大米490%、黄油330%、砂糖270%），呈一种富士山式的关税结构。。
日本是在进行农业保护的削减和农业改革吗？
日本真的是在进行农业保护削减和农业改革吗？
WTO的AMS是行政价格保护和补助金等国内政策（关税另行实施削减）的削减指标。这是和PSE基于同一观念上的，是建立在行政价格决定的消费者负担（内外价格差×产量）部分和贸易扭曲度过高而成为削减对象的财政负担的补助金等部分。1997年度的AMS是31708亿日元。其中，补助金等财政负担只不过是2029亿日元，而来自消费者负担的内外价格差相当于29679亿元，竟占93.6%。按品种类别来讲，大米的AMS为23975亿元，占总AMS的75.6%。并且其中的23153亿日元（96．5%）是来源于大米的市场价格保护。这一部分占总AMS的73%。
然而，AMS于1998年度大幅度地减少为7665亿日元。之所以如此，是因为伴随着接受乌拉圭回合谈判之后废除了粮食管理法，取消了大米的行政价格，即政府收购价格（生产者的大米价格），来自占AMS 70%的大米行政价格的内外价格差部分消失了。日本的AMS的减少并不是农业生产率的提高以及国民、消费者负担的减少的结果，而只是废除了行政价格这种单纯性的制度所带来的结果。这是否能称作是农政改革？然而，相对只规定国内政策的AMS视内外价格差为行政价格和国际价格差来讲，显示包括关税等边界措施的整个农业保护的PSE，则不管行政价格的存在与否，是以受关税（因国内市场从国际市场中隔离了出来）保护的国内价格和国际价格之差为内外价格差的。为此，显示事实上的纳税者及消费者所负担的PSE，由于只要存在大米内外价格差就会被算进去，所以PSE并不像AMS那样出现减少。
2．其次，有这样一种议论：“日本的农作物价格之所以高是因为消费者对国产品付与了较高的评价——‘国产加价’。有钱的日本消费者即便价格再高，也买国产品。”
的确不能否定有这一因素。但是，只凭此是不能解释清日本农业保护的消费者负担之高的问题。鱼沼市产的大米KOSHIHIKARI受到消费者的好评。批发价格和普通米相比高出50～60%。然而，即使是受到如此好评的鱼沼大米，若普遍价格水准下降，那么它的价格也会随之降低的。不存在和其他大米的价格水准毫无关联而一味孤高的大米。产品差别化既不是与价格毫无关系的，而且购买同样的东西选择价格便宜的是理所当然的。和日本的KOSHIHIKARI大米在质量上几乎没有任何区别的中国产大米，若可以用日本大米价格的四分之一买到的话（10公斤为1000日元），那么您是否还会购买4000日元的日本KOSHIHIKARI，甚至是花6000日元去购买魚沼产的KOSHIHIKARI呢？
有意思的是，若这一论点是正确的，那么就应该能撤销以大米为首的所有农产品的关税，然而论者却对此持反对意见。
要促进国内农产品的出口，则必须实行真正的农政改革
3．相反地，还有这样一种议论：有进口也可以出口。今后是进攻性农业。如今是在大张旗鼓地促进国内农产品的出口。农林水产省已将出口补助预算从4700万日元增加到8亿400万日元。虽然也有东亚地区的经济发展带来了食品需要的扩大，农产品出口的成功事例层出不穷的这样一个背景，但促进出口的动向是来自行政主导的政府之举。目前的情况是相对农业生产额90万亿日元、进口额4.4万亿日元来讲，使用国内农产品的出口，也仅有猪皮71亿日元、苹果43亿日元左右而已。这种程度的出口再怎样发展，都不可能成为谋求农业复活的一张王牌。处在乌拉圭回合谈判时期的1989年也有这一动向。在此次的WTO/FTA谈判中也让人感觉到，对于迫于让步的农业界，又要企图提供出口这一明朗话题了。
本来，一方面提倡“国産国销”，另一方面又倡导国内农产品出口，这看上去似乎非常矛盾，但不管怎样若国内农产品也能通过高质量化，来成功地实现产品的差别化，想必是不能说没有出口的可能。但是，食品的产品差别化是以味道的差别化为主的，而蔬菜、小麦、大豆、牛奶、鸡蛋等，很难有味道上的差距。有可能的只局限于水果、日式牛肉和部分大米等。
对于日本的大米，在中国及台湾等地也都享有美誉。但是质量再好，也无法完全弥补价格上（成本）的差距。出口的大米主要面向在生产成本及收入上都和日本近似、价格差距悬殊不大的台湾，而无法出口于价格差距悬殊极大的中国。即便是台湾市场，由于进口价格和美国产的相比有10倍之差，所以日本大米占台湾大米进口市场的数量仅为0.2%、金额仅为1.5%、根本无法与拥有70%占有率的美国相抗争。若真有意要出口，那么就要进行真正的农政改革，扩大大米、水果、食用牛等土地利用型农业的规模，大幅度地降低价格。若抛开这些，只采取行政主导型出口振兴，则极有可能和以前的结果一样而告终。
在经济产业研究所举办的研讨会“二十一世纪的农政改革——在WTO、FTA谈判中制胜的农业战略”上，OECD农业局次长Ken Ash讲到：“在国内市场竞争不过进口产品的，它也无法立足于国际市场。维护国内市场的同时开拓出口市场是不可能的。”就是进攻性农业，若用“竹枪”是根本谈不上的。要进攻就必须是“强大的农业”。