在美国,农业被看做是最具国际竞争力的产业之一。2002年,美国农产品销售总额为20万亿日元，其中牛肉产业占四分之一，达5万亿日元，是农业领域中最大的部门。牛肉产量860万吨，其中78万吨用于出口。而最大的出口对象国为日本，达22万吨。美国对重新开始牛肉出口贸易非常积极的原因也正在于此。
2003年12月，美国有报告说发现了疯牛病 （BSE、牛海绵状脑炎）。日本立即停止从美国进口牛肉。美国政府公布安全保护措施，即禁止行走困难的牛作为食用肉牛流通，规定月龄30个月以上的牛必须剔除脑和脊髓等特定危险部位。美国政府还表示，重点检查月龄30个月以上、行走困难或患有中枢神经障碍等具有感染疯牛病征兆的牛，并扩大检查的数量规模。尽管如此，其检测牛的数量仅为全年处理牛总数3500万头的1%，与日本提出的对所有牛进行检查的要求差距甚远。
为此，日美双方于2003年12月到2004年4月三次召开副部长级会议。美国指出，月龄小的牛即使感染上导致疯牛病的异常蛋白——朊蛋白，其积蓄在体内的量也会很小；而这种情况用现在的疯牛病迅速诊断法很难将其检测出来，为此许多发现疯牛病的国家都只对月龄30个月以上的牛进行检查；只要去除危险部位就能接近完全排除致病危险；对所有的牛进行检查会给牛肉产业界造成过大的成本压力。并以这些理由要求日方允许在不对所有的牛进行检查的条件下进口美国牛肉。双方经过讨论，最终在第四次副部长级会谈时共同召开记者发布会，发布如下协议：(1)任何月龄的牛都必须去除特定的危险部位。(2) 进口牛肉必须是经个体月龄证明基于出生记录的资料证实为月龄20个月以下的牛。为了两国专家对整头牛肉进行生理学年龄检测，(3)双方要就整头牛肉的等级评定和品质属性问题继续进行磋商。
日本的个体识别制度能够明确牛的出生记录，然而在美国这种制度并不普遍，因此如何证实牛的月龄成为问题的焦点。美国只有10%的牛能够依据出生记录证实其月龄。由于向日本出口的牛肉不足美国牛肉总产量的3%，向日本出口的牛肉可以仅限于这部分牛。但是出口日本的牛肉大部分是用于牛肉饭的腹肋肉和用于烧烤的两肋等特定的部位肉，并不是整头牛。美国要满足日本市场的需求，预计必须对一年中所处理的牛的总头数的三成即1000万头牛的生长月龄进行确认。为此，副部长级会谈后，日美两国专家就依据整头牛肉的成熟度确定牛生长月龄的方法进行了研究，结果报告就月龄21个月以上牛的整头牛肉被评为A40标准以下的可能性很小，采用A40为标准时需要注意的问题等进行了说明。
与此同时，日本食品安全委员会就日本国内的对策进行讨论，于2004年9月发表了中期总结报告，指出(1)停止检查检测有效范围以外的牛并不会加大风险，(2)应当考虑月龄20个月以下的疯牛病感染很难查出来这一因素。接到这一报告，厚生劳动省、农林水产省重新研究对所有牛进行检查的作法，提出仅检查月龄21个月以上的牛的国内对策修正案，向食品安全委员会提出咨询。食品安全委员会于2005年3月公布了对这一答咨询，指出：已发现的月龄21个月的疯牛病感染牛体内的朊蛋白积蓄量较小；而且20月龄以下的牛为2001年10月日本实行强制饲料规定两年后出生的牛，感染风险很小；另外，按月龄20个月以下的牛每年感染两头计算，去除特定危险部位后朊蛋白残留在牛肉中的可能性也非常低。并至4月28日为止就概回答接受了公开质询。
日本的基本姿态是要求美国采取和日本国内同等的措施。今后将在食品安全委员会中讨论下述这些问题：政府的检查体制是否完备、如果修正比如如何确认牛的生长月龄等国内措施、将月龄20个月以下的牛从检测对象中排除的话，对美国是否也能使用相同条件等。简单地说，日本把月龄20个月以下的牛排除到检测对象之外的依据是否也适用于美国的问题。还有，美国的饲料规定中虽然禁止把肉骨粉作为牛的饲料，但并不禁止其它动物使用，而且尽管实行了饲料限制，但能否被真正实施等问题，也将成为审议对象。
由于美国牛肉产业比重很大，牛肉出口问题在政治上也倍受关注。总统和国务卿都要求尽早重开贸易。美国国会已经作出决议，如果牛肉进口贸易重开过慢，就应该对日本采取经济报复措施。另一方面却又作出决议，推迟重开从加拿大进口月龄30个月以下活牛的贸易。两个决议相互矛盾。另外，美国政府向日本食品安全委员会提议，要求将检查对象牛的生长月龄再次调整到30个月。
另外，有关家畜疾病的国际组织OIE（世界动物卫生组织）已提出对BSE法典的修改意见，将牛奶、乳制品以及无骨牛肉列为允许无条件进口的产品，预计5月下旬BSE法典将正式修改。按照该标准，所有美国产的无骨牛肉不分生长月数都可以进口日本。虽然OIE标准本身没有直接的约束力，但WTO/SPS(动植物卫生检疫法规)协定中符合国际基准的措施也适用于WTO，采用高于此基准的国家必须提出具有正当和科学的理由的证明，因而OIE标准实际上已成为强制性的标准。比起美国的要求，OIE标准也许问题会更大。
进口美国牛肉包含着超出消费者感情这一历来的贸易问题的因素。在不得不允许进口美国牛肉的情况下，如同美国自己要求牛肉表示原产国那样，比起令其标明牛肉是否产于美国、是否接受过检测等措施，还有让消费者不买感到有危险的牛肉的方法。毕竟标签是为消费者提供信息的。即便是安全的食品，消费者也有权知道那是什么样的食品。
2005年5-6月《JPN经营管理》