在去年年底的综合科学技术会议上，确定了从2006年度开始五年间的科学技术政策基本方针的第三期计划纲要。在以"以科学技术创造立国为目标"为题的报告中，宣布五年间政府研究开发投资的目标额为25万亿日元，同时，加入了为最大限度地发挥该投资作用的战略性重点化及强化科学技术系统改革等内容。
政府研究开发是否应该增加投资额？
五年期间投资25万亿日元这一目标投资额的设定应该说是第三期基本计划的关键条目。然而，在财政状况持续紧张的情况下，对于政府增加对研究开发支出也有许多反对意见。而且，还有批评意见认为至今为止一直纳入基本计划的对研究开发预算的重点分配导致了研究现场的研究费泡沫，没有取得充分的成果。在第一期、第二期之后，第三期依然继续提出目标额是否可以说是妥当的判断呢？
根据《科学技术研究调查》（总务省），2004年度的国家和地方公共团体的研究开发费用负担额约为3.4万亿日元（约占包括民间负担在内的总额16.9万亿日元的二成），其中大部分流向了大学及公共实验研究机构，即所谓的科学部门。也就是说，增加政府研究开发投资额的是非之争实际上也就是从国家整体来看如何认识针对科学部门的资金负担问题。我们首先有必要站在广阔的视野上来考察对于每个国民来说应该如何看待大学及公共研究机关的负担问题，是需要进一步充实，还是通过合理化来减轻负担等问题。
第三期基本计划报告中的基本理念之一是"获得社会与国民的支持，能够转化为成果的科学技术"。对于国民来说，科学部门的成果到底是什么呢？人们期待着科学技术的进步会带来国家整体技术创新的活跃。这种经济上的益处当然很重要，同时，作为一个国民，拥有具备国际竞争力的科学部门的民族自豪感不是也很重要吗？纳入第二期目标中的诺贝尔奖获奖人数的目标（50年间30人左右），虽然很难讲是一个具有实体意义的指标，但是诺贝尔奖获奖者的增加给日本的每一个国民带来不可测知的影响。在这种意义上，我们认为向从事领先世界的基础研究的研究人员提供充足的预算非常重要。
科学在技术创新中的重要性的提高
充分认识科学在企业进行技术创新过程中的重要性正在不断提高是非常重要的。在韩国及中国的赶超以及与欧美企业的国际竞争不断激化之中，日本企业的技术创新过程不断发生变化。根据RIETI2004年进行的调查，在以往具有自办主义特征的日本的技术创新体系中出现了向网络型转化的苗头。（注1）如今，技术创新的竞争日趋激烈，企业将精力集中到能够看得到"出路"的研究开发，而减少与市场化关系淡薄的研究课题。但是，这并不是说不进行基础研究而只进行应用及开发研究。为了开发在大竞争时代胜出所必需的创新性商品，就有必要进行基于新的技术根源的独创性开发研究。为此从大学及公共研究机构寻求技术根源的活动变得日益普遍。
遗传工程学作为大学的研究课题，给医药品的技术创新过程带来了很大的影响。（注2）此外，在电子领域，很多企业对能够带来划时代的产品开发的相关物理学知识寄予热切的期待。（注3）但是，这种学术水平的研究成果并非是以医药品或电子产品等商品化用途为前提的。而且，科学知识虽然具有彻底全面提高产品性能及企业技术创新过程的潜在可能性，但其本身并不能商品化。投入公共资金推进科学部门中的研究是以追求尖端科学为目的的，研究成果以论文等方式公开，应该得到广泛应用。此外，正是对于这种研究，作为国家落实充足的预算，完善开展长期研究的环境非常重要。
科学技术体系的改革是否正在推进
因此，为了维持坚实的科学部门，政府研究开发投资的长期性投入意义十分重大。另一方面，要求对科学技术体系进行本质性改革也是理所当然的。虽然2001年国立实验研究机构的独立法人化、2004年国立大学的法人化等从形式上的科学技术体系的改革正在进行，但实际上并没有产生多大的变化。
比如国立大学法人，一方面削减用于基础性经费的运营费交付金，另一方面采取了增加竞争性资金的方针以促进大学间竞争。政府期待能够获得竞争性资金的有实力的研究机构生存下来，从而提高宏观级别上的生产率。这在理论上是正确的。但是，实际情况是否会与理论相符合则存在很大的疑问。大学是以各个研究室或教师个人等非常小的团队为单位进行运营的组织。因此，引进竞争机制的执行成本就变得很高。而且，竞争性资金当然在其使用期限及用途上有限定，缺乏灵活性。通常，即使是数年度使用的资金也不能跨年度使用，为了"花光"这些资金就会产生很大的浪费。为了解决这类问题，如果能够在制度上对存在于各省厅的竞争性资金进行整理、统合并有弹性的使用，可以认为科学部门的生产率就可以得到划时代的提高。
此外，一方面国家要切实落实科学部门的预算，同时还必须建立对成果进行公正评价的系统。不仅仅是进行评价，还必须使结果反映到研究人员的待遇上。为此需要建立能够应对研究人员流动性的人事体系。但是，现状是与基本性资金向竞争性资金转化这一预算层面上的变化相对应的人事体系改革迟迟得不到推进。一般的国立大学法人中存在两种教授。一种是由运营费交付金负担的终身制教授，一种是由竞争性资金负担的有任期限制的特别委任教授。由于有任期限制的教授是根据研究项目来雇用的，在任期结束前必须寻找下一个岗位。研究人才的流动性是科学部门雇用体系整体的问题，很难在个别研究机关得到解决。我们认为国家必须制定诸如引进运营费交付金的核定标准的使用权制等先进的人事制度等，采取彻底的对策。只有通过改革大学及公共研究机构的人事制度，才能说是从本质上对科学技术系统进行的改革。