无论是世界贸易组织（WTO）或亚太经合组织（APEC）等多边谈判，还是双边的经济伙伴关系协定（EPA），日本要推进贸易自由化，就必然会碰到农业问题的障碍。
以前，在与美国进行牛肉和橘子谈判，或在关贸总协定的乌拉圭回合谈判时，自民党政府最大限度地尊重农业界的意见，强烈抵制了农产品贸易的自由化。这种情况在民主党政权下也没有改变。
在此次大选中，对于民主党竞选纲领中“缔结”日美经济伙伴关系协定这一表达，农协指责其将毁灭日本的农业，于是受到谴责的民主党将该表达改为“促进日美经济伙伴关系协定的谈判”和“不对农业及农村产生影响”。在农业界的领导人中，没有人希望在世界贸易组织的多哈回合谈判中做出妥协，或者与美国和澳大利亚缔结经济伙伴关系协定。目前已形成了为了农业，日本作为一个通商国家却不能在世界贸易组织和经济伙伴关系协定谈判中发挥积极作用的状况。
日本农业的衰退
日本农业的衰退已势不可当。
从1960年至2005年，农业产值占GDP的比例从9％下降到1％，食品自给率从79％减少至40％。另一方面，兼营收入比重较高的第二类兼营农户从32.1％增加到61.7％，65岁以上的老年务农者从10％大幅度增加到60％。
食品安全保障的前提是确保农田资源。二战后，日本只有7000万人口，却有超过500公顷的农田，但仍然发生了饥荒。为了保证向国民稳定供应食品，农业一直受到了优厚的保护，但食品安全保障必不可缺的农田，却不断被转用、改变和废弃。
虽然通过公共事业等开垦了105万公顷农田，但与此同时，在1961年曾达到609万公顷的农田中，占40％以上的250万公顷农田由于放弃耕种或转用为住宅地而消失，现在的农田总面积只不过461万公顷，远远少于二战结束时。这些消失的农田面积，等于从北方北海道至南方冲绳的现有水田总面积的250万公顷（由于减种，种植稻米的面积为150公顷）。
日本国内农产品市场受到以778％的大米关税为代表的超高关税的保护，避免了来自外国农产品的冲击。尽管如此，日本农业依然在衰退，这说明其原因不在国外，而在于国内。
决定今后农业的两个因素
按照目前的状况，全球化和人口减少将会导致农业进一步衰退。
在世界贸易组织谈判中，日本要求扩大降低关税的例外品种，但是作为代价，要求日本扩大低关税的进口准入量（minimum access）。日本国内的大米产量为850万吨，最低进口准入量要求从现在的77万吨扩大到相当于消费量13％的120万吨以上。这样，不但带来食品自给率下降，而且使农田资源也不断减少。食品农业农村基本法规定了要提高食品自给率的目标，但是日本政府和农业界与世界贸易组织进行谈判的方针是与其背道而驰的。政府竭力想保护的是以大米的778％关税为代表的高关税，是用高关税保护农产品高价格。这是因为，农业界的真正意图是依靠农产品高价格来保护农业，提高食品自给率的主张只不过是用来实现保护农业的挡箭牌而已。
过去40年间，人均大米消费量减少了一半。虽然迄今为止总人口增加了，但是今后人口将减少，而且由于老龄化，人均消费量也将减少，大米的总消费量将受到这双重影响。到2050年左右，如果大米总消费量从现在的850万吨减少至350吨，那么减种面积扩大至200万公顷，水稻种植面积只需50万公顷左右就足够了。如果再加上扩大低关税最低进口量，则30万公顷左右即可。日本国内食用需求减少的情况，大米以外的农作物也同样。其结果，日本农业大幅度缩小，农田资源也将大幅度减少。
日本农政的特点
收入是价格乘以生产量得出的销售额再减去成本的结果。日本农政的特点是，为了提高农户的收入，不是通过扩大规模和增加产量来降低成本，而是采取提高价格的简单做法，最典型的就是大米。
在农田总面积不变的情况下，如果扩大每户平均生产规模，农户的数量就要减少。农协会员中生产大米的农户占绝大多数，希望维持农户数量的农协一直反对农业结构的改革。这是因为，对于农协来说，维持少数专业农户不如维持多数兼营农户，通过会员把农业之外的收入存入农协帐户等，可以稳定农协的经营和维持农协的政治力量。在食品管制时代，农协为了提高大米生产者价格，曾经开展过大规模的政治运动。
正如农协所期望的，从20世纪60年代以来，由于提高了大米的生产者价格，对于成本较高的小规模“兼营农户”来说，与其购买高价米，不如自己生产大米更合算，因此继续经营农业至今。由于小规模兼营农户不放弃农田，所以农田不能向只靠农业生活的真正专业农户集中，通过扩大规模对水稻农业进行结构改革的尝试遭到了失败。生产量不增加，成本也不下降，因此专业农户的收益也没有得到提高。
即使在废除了食品管制制度的今天，米价依然依靠减种这一限制供给的卡特尔（联合企业）得以维持。为了让农户参加减种，政府每年支付约2000亿日元，累计总共支付了7万亿日元的补贴。目前的减种面积为100万公顷，达水田整体的40％以上。在减产约500万吨大米的同时，进口700万吨以上的小麦，一直在采取与提高食品自给率背道而驰的政策。二战前反对农林省减种政策方案的是提倡食品自给的陆军省。真正的食品自给是与减种不相容的。
OECD（经济合作与发展组织）制定的生产者补贴等值（PSE: Producer Support Estimate）这一农业保护指标由两部分组成：一个是通过财政负担维持农户收入的“纳税人负担”部分，另一个是国内价格与国际价格之差（内外价格差）乘以生产量的“消费者负担”部分──即通过消费者向农户支付较高的国内价格，而不是廉价的国际价格来保护农户。
观察一下各国的生产者补贴等值的明细项目可以发现，消费者负担部分的比例，以乌拉圭回合谈判为基准年的1986～1988年的数值是，美国37％、欧盟86％、日本90％；与此相比，2006年的数值是，美国17％、欧盟45％、日本88％（约4万亿日元）。尽管美国和欧盟已经从价格支持向财政直接补贴“direct payments”转变，但日本农业却依然停留在价格支持“price support”上（参见表）。由于国内价格远远高于国际价格，因此需要高关税，其结果，无法应对世界贸易组织和自由贸易协定（FTA）。
民主党的所谓“农民逐户补助”政策，是指以参加减种为条件，政府为农户填补生产费和米价差（不过，民主党干事长小泽一郎以前曾主张“以废除减种为前提”的零关税也能实现100％食品自给率）。
但是，在这里最大的问题是，由于实际上可拿到手的米价大幅度上涨，因此小规模的兼营农户继续经营农业。农田不能向专业农户集中，无法期待结构改革产生效果。岂止如此，还出现了小规模农户收回出租给专业农户的农田自己耕种的趋向，这是重复了保留小规模农户这一食品管制制度时代的农政，因为无论是自民党还是民主党都一样需要兼营农户的选票。
民主党希望扩大生产大米以外的农产品。但是，在日本农产品供应能力下降的过程中，已经把日本市场让给了在质量和批量生产上具有优势的外国农产品。小麦、大豆的自给率只有13％和6％。在质量上，日本国产小麦基本上只适于制作“面条”，而不能用于制作面包和意大利面。即使扩大小麦等作物的生产，也没有购买者，恐怕只会造成库存积压。而且只适于制作“面条”的小麦也无法出口。到那时，又得依靠财政来处理过剩农产品。
与此相比，日本的大米在国外评价很高。因此，可以充分扩大生产的是能出口的大米。
合理的政策
正确的政策是通过废除减种政策降低价格，以及向专业农户直接支付补贴。如果停止减种使米价（每60公斤）下降至供需平衡价格的9500日元左右，那么以高成本生产大米的小规模兼营农户就会出租农田。如果政府向专业农户直接支付补贴，提高他们的负担地租能力，农田就会向专业农户集中，使专业农户能够扩大规模，降低成本。
由于日本国内需求减少，日本的米价从10年前的大约2万日元下降到现在的1.4万日元～1.5万日元左右，但是日本进口的中国产大米的价格从大约3000日元上涨到1万日元以上（参见图）。这种状况显示出，即使现在也不需要施加50％的关税。只要停止减种政策，米价就会下降至9500日元左右，日本国内的米价比从中国进口的大米还便宜，所以77万吨大米最低进口量的相当大部分就没有必要再进口。如果通过直接支付补贴扩大种植规模，使成本下降，就可以出口大米，扩大生产量。
欧盟通过降低谷物价格，以欧盟区域内的谷物代替了从美国进口的饲料谷物。一旦降低价格，就可以将其用于其他方面的需求。对于日本的大米来说，其他需求就是“出口”。迄今日本只看到了国内食用的需求，结果导致了农业生产的减少。日本的人口虽然减少，但是世界的人口在增加，而且在亚洲，收入的增加更形成了不断扩大的市场。
代表日本的汽车和电机产业，通过把视野转向国外而实现了发展。农业和农政也应该从保护国内市场一边倒向开拓国际市场转变。
考虑到向中国的运输费用和日中两国间的大米质量差距，如果日本国内的米价降低到9500日元以下，就可以向中国等国家出口。只考虑国内市场的供求平衡价格，即使低于国际价格，由于以廉价购买以高价出口这一价格主导的行为，国内米价也会上涨至与出口价格同一水平。只有通过扩大种植规模，使日本国内农业的成本下降，才能进一步扩大大米的出口量和生产量。
现在，中国最大的内政问题是“三农问题”，城市地区与农村地区的人均收入差距已经扩大到3.5倍以上。这个问题从需求方面来看，就是在邻近日本的中国沿海地区出现了高收入的富裕阶层，这种情况对日本出口大米非常有利。
而且，如果中国逐步解决了三农问题，那么农村地区的劳动成本就会不断上升，这将带来中国的农产品价格上涨。美国加利福尼亚生产的大米也能够与日本大米的质量进行竞争，但是其产量是有限的。美国被中国抢走了日本的最低进口量大米市场，原因也是在这里。另外，与泰国大米那样的“长颗粒品种”相比，国际市场对日本大米这样的“短颗粒品种”需求更高。从美国出口大米的价格来看，与去年谷物价格下降一样，长颗粒品种大米的价格也下降了，但是短颗粒品种大米的价格反而上涨，价格差达到一倍。由于这些因素，如果国际价格（出口价格）上涨，则国内价格也同样上涨，国内生产就会扩大。
这是在人口减少时代保障日本食品安全的途径。平时出口大米，从美国和澳大利亚等国家进口小麦和牛肉。当发生食品危机，进口出现困难时，只要把用于出口的大米转向国内解决饥荒即可。这样就可以做到平时的自由贸易和危机时的食品安全保障并行不悖。实际上，在人口减少带来国内食用需求减少的情况下，如果既要平时根据需求进行生产，又要维持为保障食品安全必不可缺的农田资源，除了在自由贸易的基础上出口，是无法保障食品安全的。
扩大专业农户规模，还可以实现环境友好型农业。规模较小的工薪族农户只在周末从事农业，因此，劳动力（也包括创意革新）的投入受到局限，很容易用农药和化学肥料来代替劳动，节约高价劳动这一生产要素，多使用相对便宜的农药等生产要素。如果农田向劳动力制约较少的专业农户转移，农药和化学肥料的投入就会减少。这是因为，对于小规模农户使用除草剂来解决的问题，专业农户代之以人工劳动。
这不是要不要保护农业的问题，而是利用关税维持价格，还是直接支付补贴，采取哪种政策的问题。欧盟已经率先进行改革，在世界贸易组织谈判中采取积极的对策。降低价格不仅是进行世界贸易组织谈判和经济伙伴关系协定谈判的对策，而且有利于振兴农业，保障食品安全和改善环境。与其照旧继续实施以往的农政，坐等农业衰亡，不如把赌注押在通过直接支付补贴来推进结构改革上。
2010年6月《商工杂志》（商工中金经济研究所）