关于理化学研究所（以下简称"理研"）小保方晴子女士在《自然》杂志上发表的论文和博士论文作弊问题，有关单位后来的处理方式可能比论文问题本身给今后日本的学位和科研在国际上的信誉带来更大的影响，这一点才是更严重的。笔者认为迄今的演变过程在几种可能的选项中近乎于最糟糕，下面谈谈这样说的理由。
审查实验可再现性的应有做法
首先谈谈最初怀疑研究作弊时的审查方式。笔者视为问题的是对《自然》杂志论文的STAP细胞是否存在的"实验结果"的可再现性进行验证的方式，据笔者所知，在美国等国家对被怀疑作弊的实验或分析结果进行验证时的基本规则是，必须由没有利害关系的第三者来执行的原则。
笔者曾经在美国两大研究基金会的美国国家科学基金会（NSF）和美国国立卫生研究院（NIH）的某部门分别担任过几年常务评审委员。评审委员的工作是美国的大学或研究机构的科学家、以及研究中心向基金会申请科研经费时，对计划中的研究内容和经费的妥当性进行评估，在众多申请之间评比出优劣，为基金会公正地决定是否资助研究提供必要的资料。
笔者所属部门，NSF是社会科学及行为科学的统计分析和测算方法的研究部门，NIH是生命和医疗统计研究部门，与此次小保方女士的分子生物学完全无关。但是无论什么部门，审查的规则和道德都是一样的。利害相关者被定义为"Conflict of Interest"，具体来说，审查个人研究项目申请研究经费时，与主要研究人员（PI）及合作研究人员（Co-PI）中的任何人在过去5年期间合著过论文、或在同一研究机构、同一研究项目共事过的评审委员，都被视为利害相关者。进而在审查研究中心等大学或研究机构等以组织形式申请研究经费时，在同一大学从事研究的所有人员，无论与申请经费的研究人员有无合作研究，均被视为利害相关者。因此，在审查每个研究经费申请时，评审员中的利害相关者都严格遵守规则，暂时退出会议室，审查结束后再被叫回来。这虽然是审查研究经费申请的事例，但是验证有作弊嫌疑的分析或实验有无可再现性时，也必须由没有利害关系的第三者执行，这在美国是普遍的规则。
然而此次关于STAP细胞是否存在的验证，是由以遭到怀疑的《自然》杂志论文执笔人为中心的理研团队主导的。如果只是决定是否继续研究，还没什么问题，但这是验证STAP细胞是否存在的问题，毫无疑问，这在美国会被认定为不适当的验证组织。更令人惊讶的是，被认定在《自然》杂志论文中作弊的小保方女士参加了验证。据说理由是制作STAP细胞需要一种"秘诀"，知道这个秘诀的只有她。但是让作弊当事人参加验证不仅有违道德，而且理由本身就是对科学普遍原理的否定。使用语言和资料向其他研究人员解释实验程序，他人根据解释能够以至少不算太小的概率再现实验结果，并且能够从理论上说明其机制，这才是科学。如果特定的个人不参与就无法再现，那是工匠的手艺，不能称为科学。要求小保方女士参加，就等于理研自己否定了STAP细胞制作技术的科学性。而且如果实验程序有不能告知第三者的东西，向《自然》杂志投稿刊登科学论文本身就存在道德问题。理研的这一系列行为显然背离了科学研究的普遍道德和规则。
为什么不允许剽窃
早稻田大学调查委员会最近对小保方女士的博士论文进行调查的结论进一步引发了重大问题。调查委员会认定她的博士论文存在广泛的剽窃（盗用），却决定不取消博士学位。问题在于理由。调查委员会认定小保方女士广泛剽窃属于"过失"，其理由接受了她的辩解："把草稿误认为正式稿上交了"。我敢断言，这肯定是先有结论（不予处分）再拼凑的理由。广泛剽窃当然不可能是过失，只能出于故意。即便是草稿，也说明论文是建立在剽窃的基础上的，仅此一项就失去了道德。而且提出博士论文的"最终稿"是今年5月，是在剽窃问题曝光之后，之前当然有修改的机会，因此无法作为判定有无作弊的参考。最根本的问题是，博士学位本身不是对"草稿"，而是对"公开答辩会时的论文"做出的评价，调查委员会自己也承认，公开答辩会时的论文中也有很多剽窃问题。如果是这样，那么"把草稿误认为正式稿上交的过失"就完全不能说明剽窃本身是由于过失引起的，"过失"的辩解完全破产。
更令笔者惊讶的是，结论认为，大多数剽窃都不属于侵犯他人的著作权，所以虽然行为不正当，但是没有必要取消博士学位。学术研究中的剽窃、篡改数据、造假是绝对不能允许的不正当行为，这是世界通行的规则，是学术研究的基本道德和规范问题，与著作权问题完全不同。学术论文中引用他人文章可以不经过著作权人的同意，也说明了这一点。在美国，对研究生论文剽窃不仅可以开除学籍，就连大学生的期末论文，也不但不给学分，还会要求学生尽社会奉献活动的义务。如果再次剽窃，对大学生也完全可能开除学籍。
为什么对剽窃这么严厉呢？那是因为在做学问方面，禁止盗用他人的论述与通过自由公平竞争促进学有所成的目标不可分开。也就是说，并非因为剽窃侵犯他人的权利，而是因为与其他研究的不正当行为同样，使行骗的人获益，正直的人受损，形成不能正确评价人们业绩的社会，带来经济损失。允许剽窃的大学使学术殿堂具有这种社会负面功能，是绝对不能允许的，这是全世界的共识。再重申一遍，禁止剽窃是学问和科学的道德及规范问题，与违反著作权法完全不同。
然而此次早稻田大学调查委员会的决定等于向校内外宣布："只要没有侵犯著作权，剽窃就可以不受处罚"。这个决定如果传到国外，其他国家即使宣布今后一概不承认早稻田大学的学位，恐怕也无法反驳。进而不仅早稻田大学，日本的所有大学的学位都完全有可能失去信用。所以我们不能轻视道德规范，国际信用的最大基础就是拥有共同的道德规范。仅仅一篇博士论文的审查标准，现在正在危及日本全国的学术研究在国际上的信用。由于早稻田大学在管理上的特殊情况（笔者推测，其他还有多篇博士论文存在问题，处分小保方女士的论文会导致问题扩大，因此做出了政治决定），使日本整个学术研究的信用下降，带来经济损失是不正当的。因此，坚决不能承认此次调查委员会的判定标准。
理研和早稻田大学都是日本具有代表性的教育研究机关，希望他们能改变方向，挽回尊严。